党代表的职权，主要是监督和指导各级军事长官的工作，必要时可以直接指挥军队。各级军事长官的报告和命令，必须经党代表副署。军事长官所发布的命令如有明显错误时，党代表有拒绝签字乃至撤销其命令之权。在法理上，军队长官只有治军的“能”，党代表却有管军的“权”。文职的党代表和职业军官之间的“权”、“能”分开，是为了抑制后者的军权过度膨胀。当然，这一制度在具体实施过程中不可能达到设计所预期的效果，但政治部和党代表制度的推行，至少在军校的政治思想训练和精神教育方面发挥了相当的作用。
除党代表制度外，军校还建立了党的组织系统。军校规定所有员生均需加入国民党。1924年7月，军校成立国民党特别区党部，1925年9月，改为特别党部，直属国民党中央党部领导。校党部下设分部、小组，定期召集会议。黄埔学生军成立后，特别党部制度继续得到贯彻，连及连以上设立各级党部。学员必须同时受军纪和党纪的约束。
早期黄埔军校除受到苏俄的影响外，还受到来自日本方面的影响。因为军校的主要教官多是日本士官毕业生。除蒋介石外，何应钦（军事总教官）、王柏龄（教授部主任）、钱大钧（军事教官）皆属之。中级教官主要由保定军校毕业生担任，其中以陈诚、张治中为首。低阶教官大部分为云南讲武堂出身。据称教官中云南讲武堂出身者占60%,保定军校出身者占20%。而这两所军校由于有一批留日归国教官施教而深受日本的影响，这种影响又进一步延续到黄埔军校。黄埔军校的军事教材也多来自日本。当时日本报界曾宣扬其军事训练在黄埔军校中扮演了重要的角色。