明代白莲教活动的第二大特征就是发动武装起义，与官府进行面对面的斗争。这通常是社会矛盾尖锐或天灾人祸的频繁发生激化矛盾的结果。每到这个时候，白莲教徒们聚众烧香，揭竿而起，发动了一次又一次震惊朝野的武装起义。据统计，明代白莲教组织的起义近百余次，而规模较大、影响较深的起义有洪武三十年（1397年）陕西沔县（今陕西沔县）县吏高福兴、田九成、李普治起义，永乐十八年（1420年）山东唐赛儿起义，天顺八年（1464年）刘通、石龙领导的荆襄流民起义，天启二年（1622年）山东徐鸿儒起义等。
白莲教等民间秘密宗教的存在和发展表明，它的社会意义不仅在于宗教方面，还在于政治方面。在封建朝廷的统治相对平稳、社会矛盾尚未尖锐时，白莲教的活动就比较少，当封建统治严酷、政治腐败、天灾频仍等导致社会危机到来之时，白莲教就像是干柴旁的一个个火种，在短时间内聚集起千万群众，揭竿而起，引发了一次又一次武装反抗封建统治的熊熊烈火，其威势之盛，常令官军望风披靡，动摇了明王朝的腐朽统治。
明代白莲教的活动，还为清代，尤其是近代民间秘密宗教各支派的活动奠定了基础，为后来的资产阶级革命提供了宝贵的经验。