“四一二”政变之后，南京国民党中央着手阐释清党理论并建立统一的清党机构。1927年4月26日，南京中常会决议通令各级党部彻底实行清党，并同时发表宣言，解释清党意义。5月5日，南京中常会决定组织中央清党委员会，任命邓泽如、吴倚沧、曾养甫、何思源（何辞职，易为萧佛成）、段锡朋、冷欣、郑异为清党委员会委员，统一主持清党工作，并议决清党原则数条：（1）在清党时期停止入党；（2）所有党员必须经过3个月审查后，再发党证；（3）土豪劣绅、贪官污吏、投机分子、反动分子及一切腐化、恶化分子一律清除出党；（4）所有党员须每半个月向所属党部报告其工作，无故1月不报告者，予以警告，3月不报告者取消党员资格。5月7日，中央清党委员会正式成立。5月10日，中央清党委员会根据前述清党原则，拟定《清党条例》11条，提交国民党中常会通过。随后，中央清党委员会次第委派各省市清党委员，展开清党行动。为了区别于“四一二”前后各地发生的政变式清党，蒋介石称这次清党为“第二期清党”。他说：第一期清党为“紧急处分”，目的在于“打倒共产党领袖及其著名活动分子”；第二期清党为“根本整理”，其范围“遍及一般跨党分子”。