最终康熙十九年二月，姚启圣与赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路合击，破郑锦在泉州漳州附近的九寨。
另派遣士兵渡海，攻下金门、厦门两地，招降朱天贵、杨彪等，同年皇帝嘉奖其为兵部尚书、太子太保头衔。
康熙二十一年二月再一次论功行赏，姚启圣因攻克海澄、金门、厦门之功，被授予世袭骑都尉，加一云骑尉。
当时郑经已死，其子郑克塽袭位，称延平王。在冯锡范的授意下，郑克塽表示愿意对清称臣进贡。
这番奏折先经过了姚启圣手中，这是冯锡范的试探。姚启圣觉得此举可行，便上奏皇帝。而玄烨想要的，不是这些。
此后两年姚启圣一直在福州，直到病故而亡。皇帝嘉奖姚启圣，准备追封谥号。
却不想户部尚书的一个奏折就参到了皇帝跟前，原来皇帝准备出师琉球后，施琅与二十一年二月前往了福州。
之后再福州与姚启圣两人，上报户部所得款项，用来修造船舶、军械。直到二十三年平定琉球后，施琅不但是没有上缴余款，反而仍亏欠四万七千帑金，因此九卿决议后觉得应予追缴。
而这件事虽然始作俑者是姚启圣与施琅，但是最后被追究的却另有他人。只因为姚启圣为皇帝效犬马之劳，康熙皇帝感念姚启圣生前劳苦，免于追缴。
但是就像施琅这些，却得不到皇帝的垂怜。死者为尊，因此姚启圣生前的错事，在皇帝跟前可以一笔勾销。