不一会儿，井伊直弼的卫队踩着积雪出现了。在60多人的卫队中间，便是井伊直弼的轿子。一声枪响，浪人们与井伊直弼的武士进行激烈的搏斗，幕府的武士们斗志已失，不几个回合便纷纷倒地。浪人们冲向井伊直弼的轿子，将他一把揪出轿外。手起刀落，井伊直弼已身首异处。
樱田门之变后，奄奄一息的幕府于1864年和1865年，先后两次发动征讨长州倒幕军的内战。长州倒幕军勇敢善战，加之各阶层民众的支持，士气高涨，结果幕府军被打得落花流水。
1865年春，长州藩尊攘派领袖高杉晋作提出了武装倒幕的决定。在倒幕维新的大旗下，以长州、萨摩为首的西南强藩捐弃前嫌，很快结成了军事同盟，掀起了武装倒幕的高潮。两年后，年仅14岁的睦仁即位，反对幕府的公卿利用年幼的天皇，控制了朝廷，在政治上占据了主动。
1868年1月3日清晨，倒幕派首领西乡隆盛指挥倒幕军队，击败幕府布置在皇宫的卫士，取而代之把守各个宫门，宫廷政变完成得干净而漂亮。天皇颁布《 王政复古大号令 》，宣布废除德川幕府，没收幕府末代将军德川庆喜的领地，成立天皇政府。
一个月后，天皇向欧美6国递交国书，申明以后天皇将亲自裁决内外政事，以大君（将军）名义缔结的条约，天皇朝廷将继续给予承认，但以后改用天皇称号进行国际交往。